Toyota heeft al jaren een reputatie op het gebied van hybride technologie, en de Yaris Cross bevestigt deze naam. De hybride versie combineert een 1,5-liter driecilinder benzinemotor met een zelfopladende elektromotor, goed voor een totaalvermogen van 96 kW (130 pk).
Hoewel dit misschien niet indrukwekkend lijkt vergeleken met sommige concurrenten, levert de Yaris Cross een uitstekende brandstofefficiëntie van 4,8 liter per 100 km in gecombineerde rijomstandigheden. Dat is bijzonder zuinig voor een SUV van dit formaat.